Dnešní základní škola v Táboře-Čekanicích je druhou školou postavenou v této části města. Vyučování v první škole bylo zahájeno v roce 1877, škola však byla postavena na nevhodném pozemku, a proto bylo rozhodnuto vybudovat školu novou. Stavba dnešní školy byla dokončena v roce 1908 a během let prošla rozsáhlými a složitými rekonstrukcemi uvnitř i venku. Areál školy stojí uprostřed velké zahrady a patří k němu i budova dnešní mateřské školy, která v 70. letech sloužila školní družině. V 70. letech byla provedena nástavba bočních křídel budovy a provedeny vnitřní i vnější úpravy. V roce 1993 se vyměňovala původní okna, v roce 1995 proběhla plynofikace kotelny, v roce 1996 se uskutečnila generální oprava střechy a fasády školní budovy. V roce 1997 se započalo s celkovou rekonstrukcí sociálního zařízení a s úpravami ve školní jídelně – výdejně. Drobnější udržovací práce se provádějí průběžně. Na konci roku 2005 vybudoval zřizovatel na školní zahradě dětské hřiště, které je v odpoledních hodinách zpřístupněno veřejnosti. V roce 2008 škola oslavila 100. výročí svého otevření.